Najstaršia správa o Vyšnom Komárniku je v daňovom súpise Šarišskej stolice z roku 1600, kde je obec zapísaná na panstve Makovica .Počet obyvateľov obce sa dosť kolísal. Blízkosť hraníc prinášala vážne nebezpečenstvá. Vpády cudzích vojsk, pôsobenia rôznych zbojníckych bánd, ale i epidémie a časté úteky poddaných v dôsledku feudálneho útlaku, pravidelne znižovali počet obyvateľov obce.
Pre zlé hospodárske pomery v roku 1714 patrila medzi 15 úplne vyľudnených obcí .Jej obyvatelia odišli za možnosťami obživy do úrodnejších južnejších krajov, kde bol po odchode Turkov nedostatok pracovných síl .V roku 1787 mala obec 164 obyvateľov, ktorí obývali v 25 domoch, v roku 1828 tu žilo 262 obyvateľov v 34 domoch .Na prelome storočí mali obyvatelia obce možnosť viackrát sledovať presuny vojsk počas napoleonských vojen.
V roku 1831 vypukla cholera . Hranice boli prísne strážené , aby sa ďalej nešírila. Vždy po období často iba krátkej konsolidácie či rastu prišli udalosti, ktoré vrhli celú oblasť naspäť a obyvateľstvo zase zbedačili. Epidémie cholery a následná hrozba hladom spustila vlnu emigrácie do USA A Kanady.
Vojenské operácie rakúsko-uhorskej armády neuchránili obydlia obyvateľov obce, ktoré ľahli popolom. V celej obci ostalo stáť 6 domov, zhorela aj drevená cerkov z roku okolo 1700.
V prvej ČSR obyvatelia pracovali v lesoch a poľnohospodárstve, no nedostatok pracovných príležitosti spôsobili značný odchod za prácou. V roku 1924 bola postavená drevená cerkov, v roku 1930 zriadená škola. Pri výstavbe cesty v rokoch 1940-1943 Giraltovce- Svidník-Dukliansky priesmyk si našla prácu aj časť obyvateľov obce.
Počas 2.sv. vojny a karpatsko-duklianskej operácie obec bola prvou obcou na území ČSR, ktorú 6. októbra 1944 oslobodili jednotky 1. čs. armádneho zboru. V jej priebehu bola obec zničená.
Obec bola vyznamenaná štátnym vyznamenaním Československej republiky Radom Červenej hviezdy, na pamiatku bojov o Duklu bola obci udelená Dukelská pamätná medaila.
Obec Vyšný Komárnik síce nie je čo do počtu obyvateľov veľkou obcou a zároveň nepatrí medzi najstaršie obce na severovýchodnom Slovensku, ale je napriek tomu je významná vďaka hraničnému priechodu Vyšný Komárnik-Barwinek, ktorý tvorí prechod medzi Slovenskou a Poľskou republikou.Obec je tiež známa vďaka ťažkým bojom počas 2. sv. vojny.
Obec leží v severnej časti Nízkych Beskýd, v malej kotline pramenitej oblasti riečky Ladomírky pri štátnej hranici s Poľskou republikou .V katastri je Dukliansky priesmyk, ktorý leží v nadmorskej výške 502 m n. m v hrebeni Laboreckej vrchoviny a je najnižšie položeným priesmykom v Karpatskom oblúku .Členitý povrch katastra tvoria flyšové vrstvy s výskytmi nafty, ktorá sa tu v minulosti pokusne ťažila .V oblasti obce je súvislý les s porastom buka, jedle a brezy. Významný je výskyt údajne najvzácnejšej a najcennejšej variety brezy v Európe tzv. svalcovej /karelskej/, ktorú možno použiť na výrobu nábytku alebo ozdobných umeleckých predmetov. V chotári obce sa nachádzajú mokrade o rozlohe 10 000 m2 v oblasti Salašiska.
Obec patrila do Šarišskej župy a okresu Svidník. Po vzniku ČSR do Prešovského kraja a do Svidníckeho okresu. Vznikom Východoslovenského kraja v roku 1960 bola jeho súčasťou a patrila do okresu Bardejov. Od roku 1968 do Svidníckeho okresu. Po vzniku Slovenskej republiky v roku 1993 a novom územnosprávnom členení bola začlenená do Prešovského kraja a okresu Svidník.
Aj keď v dôsledku vojnových udalostí obnova dediny napredovala veľmi pomaly, rozvoj obce súvisel s blízkosťou štátnej hranice a s významom , ktorý nadobudla po oslobodení.
Každý kto navštívi tento kraj si navždy v srdci odnáša nielen krásnu prírodu, ale aj všadeprítomné stopy nesmierneho hrdinstva vojakov, ktorí položili svoje životy v Karpatsko-duklianskej operácii.
